L'istituto è dedicato a San Tommaso D'Aquino, religioso, teologo e filosofo, detto Doctor Angelicus, frate domenicano principale esponente della scolastica. Il legame con Mercato San Severino è sancito dalle nozze avvenute nel 1250 tra la sorella Teodora d'Aquino e Ruggero II Sanseverino.
La Scuola nasce nel 1928/29; in seguito nell'a.s.1933/34 fu costituito il Regio Ginnasio Inferiore trasformato nel 1944/45 in Scuola media e Ginnasio. Nel 1953 iniziò la costruzione della prima ala dell'edificio di piazza Ettore Imperio e nel 1956 furono completati i lavori. In seguito la Scuola è stata dislocata su due plessi: la sede centrale, situata in Piazza E. Imperio, e il plesso di Piazza del Galdo, ubicato nella omonima frazione in uno stabile per civile abitazione di proprietà dell’Ente locale in via Cirillo. Dall'a.s.2020-21 è stata concessa dall'Ente comunale la struttura del Centro Sociale "M. Biagi" per consentire una adeguata ridistribuzione degli spazi e fronteggiare l'emergenza epidemiologica. Nell'a.s. 2023-2024 la sede di Piazza del Galdo è trasferita in una nuova struttura moderna e funzionale,
Attualmente la scuola risulta formata da tre plessi: Sede Centrale (in Piazza E. Imperio), Plesso di Piazza del Galdo e Plesso Centro Sociale "M. Biagi" (in via Biondo).
